Zgodnie z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, w przypadku gdy osoba prawna, jednostka organizacyjna niemająca osobowości prawnej lub osoba fizyczna wystawi fakturę, w której wykaże kwotę podatku, jest obowiązana do jego zapłaty.

Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w interpretacji indywidualnej z dnia 23 czerwca 2026 r., nr 0114-KDIP1-3.4012.298.2026.1.KP wyjaśnił, że obowiązek zapłaty podatku wynikający z ww. przepisu - poza sytuacją dotyczącą udokumentowania fakturą czynności niepodlegającej opodatkowaniu VAT, czy też czynności, która w ogóle nie została zrealizowana (tzw. pusta faktura) - może wystąpić również, jeżeli podatnik wystawi kilka faktur dokumentujących tę samą czynność. Jeżeli bowiem dokonana przez podatnika na rzecz kontrahenta czynność opodatkowana VAT zostanie udokumentowana dwoma różnymi fakturami, to co do zasady podatnik będzie obowiązany do zapłaty wykazanego podwójnie podatku (za tę samą czynność opodatkowaną).

Rozstrzygana przez organ podatkowy sprawa dotyczyła ustalenia, czy omyłkowe wprowadzenie prze podatnika do KSeF faktur uprzednio wystawionych prawidłowo poza systemem, tj. przed wejściem w życie obligatoryjnego KSeF, powinno skutkować wystawieniem faktur korygujących.

Organ podatkowy zwrócił przede wszystkim uwagę, że system KSeF nie przewiduje możliwości anulowania, usunięcia czy edytowania wprowadzonej do niego faktury. Wskazano, że faktura po przyjęciu do KSeF staje się dokumentem prawnym, pozostającym w obiegu gospodarczym. W momencie przydzielenia przez system KSeF danej fakturze numeru, uznawana jest ona jako otrzymana przez nabywcę towaru bądź usługi. Zatem, jeżeli faktura wprowadzona do KSeF została wprowadzona przez pomyłkę, bądź zawiera błędy, należy każdorazowo zweryfikować je fakturą korygującą również wystawioną w KSeF. W konsekwencji jedynym sposobem wyeliminowania z KSeF dokumentu wprowadzonego omyłkowo jest wystawienie faktury korygującej, o której mowa w art. 106j ust. 1 ustawy o VAT.