Regulacje dotyczące ustalenia momentu, od którego podatnik ma/będzie miał obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych przy użyciu KSeF dotyczą w takim samym stopniu jednostek samorządu terytorialnego (JST), jak i pozostałych podatników.
Zatem określając termin wdrożenia obowiązku wystawiania faktur w KSeF przez JST należy brać pod uwagę wartość sprzedaży osiągniętej przez JST w 2024 r. Jeżeli wartość sprzedaży z podatkiem przekroczyła w 2024 r. 200 mln zł jest ona obowiązana wystawiać faktury w KSeF od 1 lutego 2026 r., a jeżeli nie przekroczyła tej kwoty, to obowiązek ten będzie ją dotyczył dopiero od 1 kwietnia 2026 r. Przy czym, do końca 2026 r. obowiązek wystawiania faktur w KSeF nie będzie dotyczył podatników (w tym JST), u których łączna wartość sprzedaży (wraz z podatkiem) udokumentowana fakturami elektronicznymi lub fakturami w postaci papierowej, wystawionymi w danym miesiącu będzie mniejsza lub równa 10.000 zł.
Kwestia zasad wystawiania faktur w KSeF na rzecz jednostek samorządu terytorialnego była przedmiotem interpelacji poselskiej nr 14259. W odpowiedzi na ww. interpelację udzielonej w dniu 12 stycznia 2026 r., nr DAK1.054.1.2026 odnośnie obowiązku uzupełniania pola Podmiot3 w strukturze logicznej FA(3) Minister Finansów i Gospodarki podkreślił, że struktura logiczna e-Faktury jest jedna dla wszystkich rodzajów działalności gospodarczej i różnorodności podmiotów zobowiązanych do wystawiania faktur, co oznacza, że jest również dostosowana do specyfiki JST.