Podatnik rozliczający podatek VAT miesięcznie lub kwartalnie, u którego w JPK_VAT z deklaracją za dany okres rozliczeniowy wystąpi nadwyżka podatku naliczonego nad należnym sam decyduje o tym, czy nadwyżkę tę rozliczy w kolejnym okresie rozliczeniowym, czy też wykaże ją jako kwotę do tzw. zwrotu bezpośredniego.

Podstawowym terminem zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za dany okres rozliczeniowy - w myśl art. 87 ust. 2 ustawy - jest termin 60-dniowy liczony od dnia złożenia rozliczenia z wykazaną kwotą tej nadwyżki (niezależnie od rodzaju dokonanych zakupów).

Jednakże, zgodnie z art. 87 ust. 6d ustawy o VAT, urząd skarbowy jest obowiązany dokonać zwrotu różnicy podatku, o której mowa w art. 87 ust. 2, w terminie 15 dni, licząc od dnia:

1) w którym upłynął termin do złożenia deklaracji, w przypadku złożenia:

• deklaracji, w której podatnik wykazał zwrot różnicy podatku,
• korekty deklaracji, w której podatnik wykazał zwrot różnicy podatku, jeżeli jej złożenie nastąpiło przed upływem terminu do złożenia deklaracji;

2) złożenia korekty deklaracji, w której podatnik wykazał zwrot różnicy podatku, jeżeli jej złożenie nastąpiło po upływie terminu do złożenia deklaracji.

Zwrot VAT w terminie 15 dni przysługuje bowiem tzw. podatnikom bezgotówkowym, tj. otrzymującym płatności z wykorzystaniem instrumentów płatniczych z tytułu sprzedaży wraz z podatkiem, zaewidencjonowanej przy zastosowaniu kas rejestrujących on-line lub wirtualnych (pod warunkiem uzyskania wymaganego procentowego udziału).